12 octubre, 2012

Jerga de Laboratorio II

Entradas anteriores:

La gente que trabaja en el laboratorio somos especialmente dados a abusar de la jerga de nuestra profesión (y no me refiero a un trozo de tela gruesa y tosca). El tipo de lenguaje que en el laboratorio nos puede llegar a ser familiar pero que saca de sus casillas al resto del mundo porque en ocasiones más que jerga se convierte en jerigonza.

Hoy vamos con una lista de palabras que en el argot significa una cosa y en nuestra jerga algo muy diferente.

Ligar
Así liga la gente normal

Así liga un científico friki, ¡Me encanta como recombinas Nenaaa!

La palabra ligar puede tener hasta 19 acepciones diferentes en el diccionario de la RAE. Pues bien,  los científicos somos tan tristes que utilizamos la más ñoña en nuestra jerga diaria.
Puede significar atar, alear, mezclar o unir y es algo así a lo que nos referimos en el laboratorio.

Ligar es unir dos fragmentos de ADN de forma que la secuencia de uno siga a la secuencia del otro. Las reacciones de ligación pueden presentar variantes en sus condiciones, en función del tipo de ligación que se persiga, y de la naturaleza de los extremos (cohesivos, romos, productos de PCR…) de los fragmento de ADN. Lo más usual para clonar y subclonar es ligar un fragmento o inserto de ADN en un vector tipo plásmido (secuencia de ADN circular que podemos cortar en ciertas regiones para introducir un inserto o fragmento). Un fragmento de ADN suelto por el citoplasma o en un tubo es fácilmente degradable y apenas podemos trabajar con el, por eso lo metemos en una estructura tipo vector que de alguna forma nos vehiculiza el fragmento para que sea más fácil su manejo.

 En azul tenemos el fragmento de ADN que queremos introducir (clonar) en el vector (círculo negro). Para pegar ese fragmento en el plásmido, utilizamos el pegamento y las herramientas que nos ofrece la naturaleza, en este caso una Ligasa. Las ligasas son enzimas que suelen ser comerciales, vienen acompañadas de su tampón (medio líquidos con las sales y componentes necesarias para trabajar) y como fuente de energía utilizan ATP o NAD+, por lo que es conveniente hacer alícuotas (porciones pequeñas) de pequeño volumen para evitar congelar y descongelar varias veces.

Algunos conceptos relacionados suelen ser Linearizar el plásmido (cortar o digerir con una enzima de restricción el plásmido que es circular para hacerlo lineal), digerir (cortar pero de una forma especial, no al azar), extremos romos, cohesivos, etc. Mejor lo explico en el siguiente apartado.

Puedo confirmar y confirmo que esta no es la forma de ligar que usamos los científicos.


Idea de concepto aportada por @bioamara y @DrLitos

Digerir
A pesar de que en el laboratorio no se debe Ingerir nada, si que solemos digerir a menudo. Para la RAE, digerir es convertir en el aparato digestivo los alimentos en sustancias asimilables por el organismo, y eso se hace sobretodo con enzimas. También puede ser sufrir o llevar con paciencia una desgracia, problema o una ofensa… (Pues también se digiere más de un comentario y a más de un jefe). Se puede entender como meditar cuidadosamente algo para entenderlo o ejecutarlo y en ese sentido digerimos pero que mucho al cabo del día, pero a nosotros nos interesa una aspecto más cotidiano, Digerir con enzimas de restricción.

Como he dicho antes, para cortar un fragmento de ADN no lo hacemos en cualquier sitio, sino que lo hacemos con cuidado en una zona determinada (como el ADN es una secuencia de Adeninas, Timinas, Guaninas y Citosinas… buscamos la secuencia que queremos cortar y listo). Pero no tenemos unas tijeras universales sino cientos de tijeras muy curiosas (No las del gobierno, sino las moleculares). A nuestras tijeras, con las que digerimos el ADN se les llama enzimas de restricción y se encargan de cortar nuestro ADN en una zona y secuencia determinada, Por ejemplo, EcoRI, una de las más conocidas y antiguas, corta en una secuencia así:

5´GAATTC 3´                        y el resultado del corte es                        5´ --G      AATTC—3´
3´CTTAAG 5´                                                                                         3´---CTTAA       G—5´

Generando lo que se denomina un extremo cohesivo. La gracia de este corte es que si has digerido tu trocito de ADN con esta enzima de restricción y el vector plásmido también… Nuestro trocito de ADN se va a introducir en el sitio de forma perfecta, encajará gracias a los extremos cohesivos y será muy fácil ligarlo para que no se mueva. Si además cortamos un extremo de nuestro fragmento con un enzima de restricción y el otro lado con otro diferente (y por tanto otra secuencia) sabremos además en que orientación se nos introduce el fragmento en el plásmido.

Las Tijeras del Laboratorio

Las tijeras del gobierno. No me las confundáis porque con las primeras se hace ciencia y con las segundas no hay futuro.


 En JoF6 tenéis un magnífico artículo de Raúl de la Puente sobre las enzimas de restricción. @doctorGENoma


Idea de concepto aportada por @DrLitos


Incubar


Bien podría ser un Investigador cualquiera incubando algo

Si nos referimos a un ave, nos referimos a calentar los huevos, generalmente con su cuerpo, para sacar pollos. Si lo decimos de una enfermedad, se trata de desarrollar desde que se contrae hasta que aparecen los primeros síntomas. En cualquier caso, se refiere a mantener en unas condiciones estables de forma que al final pase algo esperable. Pues de eso se trata en el laboratorio.

Toda enzima de restricción para poder cortar el ADN y toda enzima ligasa para pegar el ADN, requiere de un tiempo de incubación, es decir, un tiempo a temperatura constante y adecuada y en un medio adecuado (el tampón que sea) al final de cuya espera tenemos el efecto deseado.
También se pueden incubar placas de bacterias y cultivos líquidos.

Idea de concepto aportada por @bioamara

Cultivo

Los cultivos están reconocidos en el diccionario como método de obtención de microrganismos, células o tejidos mediante siembras controladas en medios adecuados. También nos referimos a cultivo como el producto de haber cultivado.


Normalmente lo que hacemos es Inocular un medio de cultivo con nuestra bacteria o células cualquiera que sea. No es más que coger un poquito de donde la tengamos y ponerla a crecer en el medio de cultivo. Si en lugar de inocular solo nuestra bacteria o nuestra célula, además nos caen células o bacterias no deseadas, se dice que el medio o cultivo se ha contaminado y por tanto ya no es puro o axénico. 



Los cultivos se pueden hacer en medio sólidos o líquidos y si son plantas, pueden ser cultivos hidropónicos (no requiere tierra sino que se pone agua con bastante aireación donde se sumergen las raíces).




Idea de concepto aportada por Elena ML

Centrífuga
En la anterior entrada comentamos a las centrífugas muy de pasada. Cuando queremos hacer un pellet o sedimento de un cultivo o una fracción celular, debemos someter a nuestra muestra a un campo giratorio treméndamente alto. Llegamos a producir sobre nuestros cultivos hasta 15.000 revoluciones por minuto (para que te hagas una idea, tu coche no debería pasar de las 3000 durante mucho tiempo porque se puede quemar).

La centrífuga o centrifugadora es algo así:

Microfuga para Eppendof de hasta 2 mL. Las hay mucho más grande y con diversos rotores distintos. 

En esos agujeritos pequeños introducimos nuestros tubos de forma que haya el mismo peso en todos los sitios del rotor (parte que gira), cerramos la tapa, ajustamos la velocidad y el tiempo y lo ponemos a funcionar.

Al final, en la parte de abajo del tubo queda casi siempre un pellet o sedimento y el resto se llama sobrenadante o parte soluble.

Idea de concepto aportada por Elena ML


Bueno por hoy ya está bien. El próximo día prometo contaros como corre un científico después de haber ligado… ¿Os lo vais a perder?