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La gente que trabaja en el laboratorio somos especialmente dados a
abusar de la jerga de nuestra profesión (y no me refiero a un trozo de tela
gruesa y tosca). El tipo de lenguaje que en el laboratorio nos puede llegar a
ser familiar pero que saca de sus casillas al resto del mundo porque en
ocasiones más que jerga se convierte en jerigonza.
Hoy vamos con una lista de palabras que en el argot significa una cosa
y en nuestra jerga algo muy diferente.
Ligar
Así liga la gente normal
Así liga un científico friki, ¡Me encanta como recombinas Nenaaa!
La palabra ligar puede tener hasta 19 acepciones diferentes en el
diccionario de la RAE. Pues bien, los
científicos somos tan tristes que utilizamos la más ñoña en nuestra jerga
diaria.
Puede significar atar, alear, mezclar o unir y es algo así a lo que nos
referimos en el laboratorio.
Ligar es unir dos fragmentos de ADN de forma que la secuencia de uno
siga a la secuencia del otro. Las reacciones de ligación pueden presentar
variantes en sus condiciones, en función del tipo de ligación que se persiga, y
de la naturaleza de los extremos (cohesivos, romos, productos de PCR…) de los
fragmento de ADN. Lo más usual para clonar y subclonar es ligar un fragmento o
inserto de ADN en un vector tipo plásmido (secuencia de ADN circular que
podemos cortar en ciertas regiones para introducir un inserto o fragmento). Un
fragmento de ADN suelto por el citoplasma o en un tubo es fácilmente degradable
y apenas podemos trabajar con el, por eso lo metemos en una estructura tipo
vector que de alguna forma nos vehiculiza el fragmento para que sea más fácil
su manejo.
Algunos conceptos relacionados suelen ser Linearizar el plásmido
(cortar o digerir con una enzima de restricción el plásmido que es circular
para hacerlo lineal), digerir (cortar pero de una forma especial, no al azar),
extremos romos, cohesivos, etc. Mejor lo explico en el siguiente apartado.
Puedo confirmar y confirmo que esta no es la forma
de ligar que usamos los científicos.
Digerir
A pesar de que en el laboratorio no se debe Ingerir nada, si
que solemos digerir a menudo. Para la RAE, digerir es convertir en el aparato
digestivo los alimentos en sustancias asimilables por el organismo, y eso se
hace sobretodo con enzimas. También puede ser sufrir o llevar con paciencia una
desgracia, problema o una ofensa… (Pues también se digiere más de un comentario
y a más de un jefe). Se puede entender como meditar cuidadosamente algo para
entenderlo o ejecutarlo y en ese sentido digerimos pero que mucho al cabo del
día, pero a nosotros nos interesa una aspecto más cotidiano,
Digerir con enzimas de restricción.
Como he dicho antes, para cortar un fragmento de ADN no lo
hacemos en cualquier sitio, sino que lo hacemos con cuidado en una zona
determinada (como el ADN es una secuencia de Adeninas, Timinas, Guaninas y
Citosinas… buscamos la secuencia que queremos cortar y listo). Pero no tenemos
unas tijeras universales sino cientos de tijeras muy curiosas (No las del
gobierno, sino las moleculares). A nuestras tijeras, con las que digerimos el
ADN se les llama enzimas de restricción y se encargan de cortar nuestro ADN en
una zona y secuencia determinada, Por ejemplo, EcoRI, una de las más conocidas y
antiguas, corta en una secuencia así:
5´GAATTC 3´ y el
resultado del corte es 5´
--G AATTC—3´
3´CTTAAG 5´ 3´---CTTAA G—5´
Las Tijeras del Laboratorio
Las tijeras del gobierno. No me las confundáis porque
con las primeras se hace ciencia y con las segundas no hay futuro.
En JoF6
tenéis un magnífico artículo de Raúl de la Puente sobre las enzimas de
restricción. @doctorGENoma
Idea de concepto aportada por @DrLitos
Incubar
Bien podría ser un Investigador cualquiera incubando algo
Si nos referimos a un ave, nos referimos a calentar los huevos,
generalmente con su cuerpo, para sacar pollos. Si lo decimos de una enfermedad,
se trata de desarrollar desde que se contrae hasta que aparecen los primeros
síntomas. En cualquier caso, se refiere a mantener en unas condiciones estables
de forma que al final pase algo esperable. Pues de eso se trata en el
laboratorio.
Toda enzima de restricción para poder cortar el ADN y toda enzima
ligasa para pegar el ADN, requiere de un tiempo de incubación, es decir, un
tiempo a temperatura constante y adecuada y en un medio adecuado (el tampón que
sea) al final de cuya espera tenemos el efecto deseado.
También se pueden incubar placas de bacterias y cultivos líquidos.
Idea de concepto aportada por @bioamara
Cultivo
Los cultivos están reconocidos en el diccionario como método de
obtención de microrganismos, células o tejidos mediante siembras controladas en
medios adecuados. También nos referimos a cultivo como el producto de haber
cultivado.
Normalmente lo que hacemos es Inocular un medio de
cultivo con nuestra bacteria o células cualquiera que sea. No es más que coger
un poquito de donde la tengamos y ponerla a crecer en el medio de cultivo. Si
en lugar de inocular solo nuestra bacteria o nuestra célula, además nos caen
células o bacterias no deseadas, se dice que el medio o cultivo se ha
contaminado y por tanto ya no es puro o axénico.
Los cultivos se pueden hacer en medio sólidos o líquidos y si son
plantas, pueden ser cultivos hidropónicos (no requiere tierra sino que se pone
agua con bastante aireación donde se sumergen las raíces).
Idea de concepto aportada por Elena ML
Centrífuga
En la anterior entrada comentamos a las centrífugas muy de
pasada. Cuando queremos hacer un pellet o sedimento de un cultivo o una
fracción celular, debemos someter a nuestra muestra a un campo giratorio
treméndamente alto. Llegamos a producir sobre nuestros cultivos hasta 15.000
revoluciones por minuto (para que te hagas una idea, tu coche no debería pasar
de las 3000 durante mucho tiempo porque se puede quemar).
La centrífuga o centrifugadora es algo así:
Microfuga para Eppendof de hasta 2 mL. Las hay mucho más grande y con diversos rotores distintos.
En esos agujeritos pequeños introducimos nuestros tubos de
forma que haya el mismo peso en todos los sitios del rotor (parte que
gira), cerramos la tapa, ajustamos la velocidad y el tiempo y lo ponemos a
funcionar.
Al final, en la parte de abajo del tubo queda casi siempre
un pellet o sedimento y el resto se llama sobrenadante o parte soluble.
Idea de concepto aportada por Elena ML
Bueno por hoy ya está bien. El próximo día prometo contaros como
corre un científico después de haber ligado… ¿Os lo vais a perder?
Anda, me había perdido esta segunda entrega, me he enterado por la tercera...
ResponderEliminarTe lo dije antes y te lo repito, eres un crack eligiendo fotos para cada apartado. Cómo me he reído, por Darwin!
Estas entradas son más que necesarias sobretodo para familiares y amigos que nos miran con caras raras cuando soltamos alguna expresión de estas un domingo en la sobremesa, "me tengo que ir a ligar", "tengo que hacer unas digestiones", etc.
Cierto, son buenas. Muchas gracias a Dr.Litos por recomendarmelas.
ResponderEliminarMis alumnos se descojonan cuando digo "cultivo hidropónico", que no es muy frecuente. Ellos entienden el concepto tal como lo expresas en la foto, La primera, por supuesto.
Este tipo de post son de mucha ayuda para explicar biologia en bachillerato. Muchas gracias.
Bienvenido Pedro y muchísimas gracias por el comentario (y a Dr. Litos por recomendarte que leas estas zarandajas que pongo por aquí).
ResponderEliminarSerá un honor tenerte leyendo y recomendando las entradas y si te sirven de algo, mejor que mejor.
Un abrazo y a darle duro a los hidropónicos. jejejej